Embed™技术优势
- 2017-06-26 10:49:00
- 逗点生物 原创
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Embed™技术优势
降低合成成本
为了尽可能使单体的连接更彻底，单体浓度应在使用时稀释到合适的倍数。在Embed™ CPG Frits中，试剂的扩散是由非常高效的外加正压或真空驱动的，稀释倍数在20-40范围内。而在传统的填充型合成柱中，试剂的扩散是由相对低效的渗透压驱动的，稀释倍数仅在10-20之间。较大的稀释倍数导致了较小的单体使用量。
通过优化高度和直径，Embed ™ CPG Frits具有更少的空隙体积，在保持超高反应效率和彻底清洗的同时，能够减少反应物的浪费和清洗溶剂的消耗。
| 尺寸 | 体积 | ||
|---|---|---|---|
| 直径 | 高度 | 总体积 | 空隙体积 |
| 4 mm | 4 mm | 50 μL | 20 μL |
| 4 mm | 3.6 mm | 45 μL | 18 μL |
| 4 mm | 2 mm | 25 μL | 10 μL |
| 4 mm | 4 mm | 28 μL | 11 μL |
| 4 mm | 2 mm | 14 μL | 6 μL |
Embed™柱管采用梯度直口设计，没有斜度，且具有多个内径按梯度减少的装配位，使CPG Frits与柱管完全切合，减少无用空隙的体积，并确保整个Frit内流速的一致性，进一步降低了试剂的使用量。
与采用第一代CPG核酸合成柱相比，采用Embed™产品的客户已将合成成本降低了30%-40%甚至70%。
提高产物纯度
与传统合成柱相比，Embed™ CPG Frits能够显著提高最终产物的纯度。如右表所示，合成7种具有22个核苷酸的引物，最终产物的纯度能够提升19.5%（平均值）。| Oligo序列 | 纯度 | |||
|---|---|---|---|---|
| Embed™方法 | 传统方法 | 提升 | ||
| 5'-AATGGGGTTCACAAGAGAGAGA-3' | 76.43% | 51.28% | +32.91% | |
| 5'-CCAGCCATGCACTCATAGAATA-3' | 88.08% | 72.12% | +18.12% | |
| 5'-AGGTTGGAACTATGGCTGATTG-3' | 81.25% | 70.53% | +13.19% | |
| 5'-CCAGTTTAGCATGTGTGGTTCA-3' | 81.97% | 75.39% | +8.03% | |
| 5'-CCTAAACAACGACAAACACTCA-3' | 83.82% | 76.12% | +9.19% | |
| 5'-AAGCACAACACAGAACCCTAAA-3' | 83.28% | 66.5% | +20.15% | |
对于全基因合成，Embed™ CPG Frits的高偶联效率和低突变率能够减少拼接工作量。
改善最终产率
高偶联效率是提高最终产率的关键，对长链产物尤其如此。如右表所示，为合成50-mer长的寡核苷酸，偶联效率需大于99%。| Oligo长度 | 偶联效率 | ||
|---|---|---|---|
| 99% | 98% | 97% | |
| 10-mer | 90.4% | 81.7% | 73.7% |
| 20-mer | 81.8% | 66.8% | 54.4% |
| 30-mer | 74.0% | 54.6% | 40.1% |
| 40-mer | 66.9% | 44.6% | 29.6% |
| 50-mer | 60.5% | 36.4% | 21.8% |
除了使用更高纯度的清洗试剂和反应物，提高偶联效率的另一个途径是在每个反应步骤后尽可能彻底地清洗残余反应物。在Embed™ CPG Frits中，上一步使用的反应物很容易被冲洗掉。而在传统的填充型合成柱中，有少量的残留反应物会在CPG粉末中与新的反应物维持平衡状态，难以被彻底清除。
彻底地清洗残留试剂也能减少终产物的突变概率。
缩短反应时间
得益于其独特的小体积设计，含0.5-1 mg CPG的Embed™ CPG Frits仅需15-20 μL单体溶液即可高效地完成单体的连接。偶联步骤可在30秒内完成，大大缩短了总体合成时间。
由于具有一致的流速和背压，不同合成规模的CPG Frits可被装配到同一块多孔板内，从而实现高通量合成，进一步缩短交货时间。
适配多种应用
Embed™CPG Frits及核酸合成柱可适配多种商用合成仪和客户自制合成仪，包括：- 压力驱动合成仪，如Dr. Oligo 196和ABI3900
- 真空驱动合成仪，如MerMade 192
- 自制合成仪
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